Desarrollo de marcadores genéticos tipo microsatélites en secuencias EST para mapeo genético en Litopenaeus vannamei
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Abstract
La identificación de microsatélites en secuencias EST y su homologación de L. vannamei contra el genomio de D. melanogaster mediante el minado de datos, generaron 286 pares de primers. La evaluación con especies de camarón (L. vannamei, L. stylirostris, F. californiensis, F.duorarum y T. byrdi), permitió obtener marcadores polimórficos para mapeo genético en L. vannamei. Un 3,8% de ESTs contenían repeats tipo microsatélite con frecuencia de 1 repetición cada 7,8 kb. Se diseñaron 286 primers para SSR – ESTs.
Amplificaron 129 loci con SSR – ESTs. Alto porcentaje (56%) de EST – SSRs fueron transferibles dentro del genero Litopenaeus. Evaluación de SSR- ESTs en animales silvestres, mostró que el 72% de los marcadores cumplen con el equilibrio Hardy-Weinberg, útiles en genética de poblaciones. El número de
alelos fue de 2 – 24; en promedio 6,2. Adicionalmente, un set de 28 SSR-ESTs fueron evaluados por segregación mendeliana. Evidencia de alelos nulos se encontró en 5 de ellos. Alto porcentaje de marcadores SSR- ESTs monomórficos (44%) son polimórficos en análisis SSCP. Los microsatélites e intrones polimórficos obtenidos, pueden ser usados en mapeo genético y estudios de poblaciones en L. vannamei.
Palabras clave: L. vannamei, Marcadores moleculares, Microsatélites.
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